同源重组缺陷(Homologous Recombination Deficiency, HRD )是DNA 修复 途径缺陷的结果 ,会 造成 基因组 和染色体 的不稳定 。 HRD 阳性 常见于卵巢癌 患者 中,是 卵巢癌 聚腺苷二磷酸核糖聚合酶抑制剂( PARP in hibit or, PARP i ) 治疗相关的重要 生物标志物 之一 。
MEDx HRDetectCDx 测试通过捕获法靶向测序约 42,000 个特定于中国人群的全基因组单核苷酸多态性( SNP ),覆盖度 约为 ±200x ,并对 85 个基因的编码外显子进行了约 ±400x 的覆盖度测序。通过分析 LOH 、 TAI 和 LST ,计算 HRD 评分。分值 ≥43 (阈值)时判定 HRD 为阳性。 并 通过与 Myriad my Choice CDx 比较来评估 HRDetectCDx 的分析性能。
1.MEDx-HRDetectsCDx与Myriad test具有高度一致性
HRDetect CDx pan e l 和 myChoice CDx 之间的阳性一致率为 89.5% ,阴性一致率是 93.3% ,总体一 致率是 91 .2% (表 1 )。
227名符合条件的患者入选,122名患者接受了HRDetectCDx测试,其中92名可评估HRD状态。20名患者(16.4%)携带BRCA 突变(BRCA mutation, BRCAm),53名患者(43.4%)HRD阳性(表2)。
16.4%(20/122)的患者中发现了胚系与体系 BRCA1/2突变,包括BRCA1的13个突变和BRCA2的7个突变。其中,13名患者显示BRCA1/2突变,且HRD评分大于43(图1)。
突变频率较高的基因包BRCA1(14%)、PALB2(9%)、BRCA2(8%)、ARID1A(7%)、PTEN(5%)、BRIP1(4%)和ATRX、FANCL和SLX4(每个基因的突变频率为3%)。特别是当可能致病和不确定意义的变异(variant of uncertain significance, VUS)基因突变被包括在内时, SLX4基因的突变频率高达16%,超过了BRCA1基因的突变频率(15%)(图3)。
图3 :Gene mutation landscape of the HRDetectCDx panel
图4 :PFS analysis of patients in subgroups with different SLX4 statuses and SLX4 mutation distributions PFS analysis in the SLX4 mutation subgroup (pathogenic and VUS) vs. wild-type subgroup within the HRD cohort (A), the HRP cohort (B), and the whole cohort (C). D, Distribution of detected SLX4 mutations.
迈杰医学 MEDx HRDetectCDx Panel 适用于检测中国卵巢癌患者 的 HRD 状态 ,其预测无进展生存期的能力也在真实世界研究中 得到了确认, 有效预测了具有不同 BRCA 和 HRD 状态的 卵巢癌 患者的预后。 SLX4 基因 中可能致病或 VUS 的 变异 频率相对较高,这些突变与使用 尼拉帕利 一线维持治疗的 卵巢癌 患者预后较差相关。这些发现 将 促使 进一步研究 ,以便为制定个性化治疗方案和 深入了解 HRD 的分子机理提供新的认识。
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致谢
感谢再鼎医药(上海)有限公司对本研究的支持。
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